Kỳ đà nước sinh trưởng và phát triển mạnh mẽ, đặc biệt là sau mỗi lần lột xác vào khoảng tháng 8 đến tháng 10 hằng năm. Sau khoảng 18 tháng, chúng sẽ đạt đến độ trưởng thành đủ để bước vào giai đoạn sinh sản mỗi năm một lứa, mỗi lứa để khoảng 15 đến 20 trứng nhưng chỉ có chưa đến 50% số trứng đó có khả năng nở thành con. Chúng vào mùa hè khoảng từ tháng 4, 5 đến tháng 7, 8. Đẻ trứng trong các hang hốc bên bờ sông hoặc trong các hang hốc trong các bờ bụi gần nước. Trứng có màu trắng bẩn, thuôn hai đầu, dài khoảng 5 cm[2]. Tại những vùng đất trũng quanh năm ngập nước như Đồng Tháp Mười, những ụ đất cao là nơi kỳ đà đào hang để ở và đẻ. Nơi kỳ đà chọn làm hang ổ bao giờ cũng gần với nơi kiếm ăn của nó.